Ich hab nun folgendes versucht:
table1 und table2 waren ja so nicht vorhanden, sondern auch select...auf 2 bzw 3 joins von großen Tabellen, das war wrsl das Problem.
Ich habe nun erstmal die Inhalte, also 8000 und 500 Zeilen in eine Tabelle weggeschrieben und dann die Except Abfrage auf diese "echten" Tabellen und siehe dar, 1 Sekunden.
Werde ich wohl so umsetzen, dass PHP erstmal die beiden Tabellen erzeugt und nachher wieder entfernt. Oder gibts es da eine elegantere Lösung?